①碳源(C/N)的控制。生物脫氮的反硝化過程中，需要一定數量的碳源以保證一定的碳氮比而使反硝化反應能順利地進行。碳源的控制包括碳源種類的選擇、碳源需求量及供給方式等。

反硝化菌碳源的供給可用外加碳源的方法(如傳統脫氮工藝)、利用原廢水中的有機碳(如前置反硝化工藝等)的方法來實現。反硝化的碳源可分為三類：第一類為外加碳源，如甲醇、乙酸鈉、乙醇、葡萄糖、淀粉、蛋白質等，但以甲醇為主；第二類為原廢水中的有機碳；第三類為細胞物質，細菌利用細胞成分進行內源反硝化，但反硝化速率最慢。

當原廢水中的BOD5與TKN(總凱氏氮)之比在5~8時，BOD5與TK(總氮)之比大于3~5時，可認為碳源充足。如需外加碳源，多采用甲醇，因甲醇被分解后產物為CO2、H2O，不留任何難降解的產物。

②反硝化反應最適宜的pH值為8 ~8.6。pH值高于8.6或低于6，反硝化速率將大幅度下降。

③反硝化反應最適宜的溫度是20~40℃。低于15℃反硝化反應速率降低，為了保持一定的反應速率，在冬季時采用降低處理負荷、提高生物固體平均停留時間以及水力停留時間等措施。

④反硝化菌屬于異養兼性厭氧菌在無分子氧但存在硝酸和亞硝酸離子的條件下，一方面，它們能夠利用這些離子中的氧進行呼吸，使硝酸鹽還原；另一方面，因為反硝化菌體內的某些酶系統組分只有在有氧條件下才能合成，所以反硝化菌適宜在厭氧、好氧條件交替下進行，故溶解氧應控制在0.5mg/L以下。

生物相是指活性污泥微生物的種類、數量及其活性狀態的變化。生物相觀察可以作為一種輔助手段來達到控制工藝運行的目的。