投加碳源目的是為了脫氮，但考慮脫氮效果的同時，也要兼顧污水處理廠的運行穩定，避免處理費用增加。

1、污泥產量

首先，投加碳源必會增加污泥的產量，而污泥處理成本很高。
常用的碳源中乙酸、乙酸鈉價格較貴，產泥率高，對污水廠的污泥處置會帶來了一定的壓力。
以葡萄糖為代表的糖類物質作為外加碳源使得脫氮效果良好，可是，糖類作為多分子化合物，容易引起細菌的大量繁殖，導致污泥膨脹。

2、出水COD值、亞硝基氮累積

其次，部分碳源的投加也會影響出水COD值和亞硝基氮累積。
以糖類作為碳源，會增加出水中COD的值，影響出水水質。同時，與醇類碳源相比，更容易產生亞硝態氮積累的現象。
甲醇作為外碳源雖然具有運行費用低、污泥產量小的優勢，但在甲醇碳源不足時，存在亞硝酸鹽積累的現象。
并且如果投加量控制不好，或者系統來水變化波動太大，容易造成生化系統中毒，好氧區域絲狀菌膨脹。