微生物營養劑是指微生物生長需求所需要攝入的營養物質。主要有能源和碳源。以此可以分為光能自養型 、光能異養型、化能自養型和化能異養型四種。

光能無機營養型：光能自養型可在完全無機的環境中生長，以CO2為碳源，光做能源，無機物為供H體還 原CO2合成細胞有機物質的微生物叫光能自養微生物。光能自養型微生物包括藍細菌（含葉綠素）、紫硫細 菌和綠硫細菌等少數微生物，由于含有光合色素，因而能使光能轉變成化學能，供機體直接利用。

光能有機營養型：光能異養型這類微生物不能以二氧化碳為主要碳源或唯一碳源，而能利用光作能源， 以有機化合物為供H體，還原CO2，合成細胞物質的微生物，稱光能異養微生物。如紅螺細菌可以異丙醇為 供氫體，還原二氧化碳。

化能無機營養型：化能自養型以CO2或碳酸鹽為唯一或主要碳源，以無機化合物氧化時釋放的能量為能 源，合成細胞物質的微生物叫化能自養微生物。這類細菌包括硫化細菌、硝化細菌、氫細菌、鐵細菌等， 硫細菌和硝化細菌與生產密切相關，它們在自然界物質轉換過程中起著重要的作用。

化能有機營養型：化能異養型這類微生物以有機化合物為碳源，利用有機化合物氧化過程中產生的能量為 能源，合成細胞物質，這類微生物稱為化能異養微生物。絕大多數細菌、真菌和原生動物屬于這種類型。