污水的五日生化需氧量與總磷之比是影響除磷效果的重要因素之一。若比值過低，積磷菌在厭氧池放磷時釋放的能量不能很好地被用來吸收和貯藏溶解性有機物，影響該類細菌在好氧池的吸磷，從而使出水磷濃度升高。

生物同時脫氮除磷，要求系統具有厭氧、缺氧和好氧環境。厭氧/缺氧/好氧法可滿足這一條件。

脫氮和除磷是相互影響的。脫氮要求較低負荷和較長泥齡，除磷卻要求較高負荷和較短泥齡。脫氮要求有較多硝酸鹽供反硝化，而硝酸鹽不利于除磷。設計生物反應池各區(池)容積時，應根據氮、磷的排放標準等要求，尋找合適的平衡點。

脫氮和除磷對泥齡、污泥負荷和好氧停留時間的要求是相反的。在需同時脫氮除磷時，綜合考慮泥齡的影響后，可取10～20d。

AAO（又稱A2O）工藝中，當脫氮效果好時，除磷效果較差。反之亦然，不能同時取得較好的效果。針對這些存在的問題，可對工藝流程進行變形改進，調整泥齡、水力停留時間等設計參數，改變進水和回流污泥等布置形式，從而進一步提高脫氮除磷效果。